Selain pernah disantet karena ketegasannya, Hoegeng juga pernah difitnah rekan sejawatnya di kepolisian.
Dilansir dari buku Hoegeng: Polisi dan Menteri Teladan karya Suhartono (2013), Hoegeng dipanggil Presiden Soekarno.
Saat itu, Presiden ingin menanyakan kebenaran kabar yang menyebut Hoegeng ingin menggulingkan atasannya, Soetjipto Joedodihardjo yang menjabat sebagai Kapolri sekaligus Menteri/Panglima Angkatan Kepolisian (Pangak).
Ketika ditanya Presiden, Hoegeng terkejut lantas bertanya,”Siapa yang bilang?”.
Presiden Soekarno lantas menyebut satu nama. Hoegeng lalu minta agar dirinya dikonfrontasi dengan orang tersebut.
Presiden setuju dan menjadwalkan pertemuan dengan orang yang bersangkutan untuk mengkonfrontasi tuduhan itu.
Saat dikonfrontasi dengan orang tersebut, Hoegeng membawa buku besar yang menjadi catatan hariannya.
Di hadapan Presiden, Hoegeng membenarkan bahwa dirinya memang didatangi oleh yang bersangkutan di kantor dan di rumahnya.
Secara rinci Hoegeng menyebutkan tanggal dan pertemuannya, serta isi detail pembicaraannya. Hoegeng juga membeberkan jawabannya setelah diajak yang bersangkutan untuk menggulingkan Menteri/Pangak Jenderal Pol Soetjipto.