Badan ini diketuai oleh Wakil Presiden, dengan anggota Mendagri, Menteri PPN/Kepala Bappenas, Menteri Keuangan, serta satu wakil dari setiap provinsi di Papua, dan bertugas memastikan percepatan pembangunan berjalan optimal.
Untuk mendukung kerja Badan Khusus ini, dibentuk lembaga kesekretariatan Badan
Khusus yang berkantor di Jayapura, Papua. Keberadaan kantor di Jayapura ini berfungsi sebagai titik koordinasi dan pusat administrasi untuk memudahkan komunikasi pemerintah pusat dengan pemerintah daerah Papua dalam pelaksanaan program percepatan
pembangunan.
Namun, seperti dijelaskan Mendagri Tito Karnavian, kantor tersebut bukan merupakan
kantor Wakil Presiden secara permanen, melainkan kantor kesekretariatan badan khusus yang dapat digunakan Wapres saat berada di Papua untuk memimpin rapat atau koordinasi lapangan terkait tugas percepatan pembangunan Papua. √
